Instytucja Zarządzająca programem może przekazać wykonywanie części swoich zadań Instytucjom Pośredniczącym. Rolę Instytucji Pośredniczącej mogą pełnić wyłącznie jednostki sektora finansów publicznych. Zakres jej obowiązków określa umowa lub porozumienie. Mogą to być na przykład zadania związane z zarządzaniem i wdrażaniem części programu dotyczącej określonej tematyki, w której specjalizuje się dana instytucja, np. ochrony środowiska, rozwoju przedsiębiorstw czy budowy dróg.
W ramach programu Fundusze Europejskie dla Podlaskiego wyznaczono następującą Instytucję Pośredniczącą: Wojewódzki Urząd Pracy w Białymstoku.
Przykładowe zadania Instytucji Pośredniczącej to:
- zarządzanie poszczególnymi priorytetami programu,
- przygotowanie na podstawie wytycznych Instytucji Zarządzającej szczegółowych kryteriów wyboru projektów w ramach poszczególnych priorytetów,
- przygotowanie opisu własnego systemu zarządzania i kontroli,
- wybór projektów do dofinansowania zgodnie z kryteriami oraz podpisywanie umów z beneficjentami,
- zapewnienie zgodności projektów z zasadami wspólnotowymi i krajowymi,
- weryfikacja poprawności i zgodności z prawem wydatków ponoszonych przez beneficjentów,
- prowadzenie elektronicznego systemu monitorowania realizacji poszczególnych priorytetów,
- rozliczanie umów z beneficjentami,
- monitorowanie realizacji umów o dofinansowanie projektów,
- monitorowanie realizacji wskaźników,
- prowadzenie kontroli realizowanych projektów,
- przygotowanie sprawozdań z realizacji poszczególnych priorytetów,
- ewaluacja poszczególnych priorytetów,
- prowadzenie działań informacyjnych i promocyjnych,
- przechowywanie dokumentacji związanej z wdrażaniem programu przez 3 lata od daty jego zamknięcia.
Zasady powoływania i funkcjonowania instytucji w programie określa Ustawa z dnia 28 kwietnia 2022 r. o zasadach realizacji zadań finansowanych ze środków europejskich w perspektywie finansowej 2021-2027.
